Mohamed Naffé enseigne l’histoire à l’Université de Nouakchott depuis plus de 20 ans. Il a participé à des campagnes de prospection et de fouilles archéologiques ainsi qu’au renouvellement du montage de la partie historique du Musée National de Nouakchott. Il a été pendant 5 ans (2004-2009) directeur adjoint puis directeur de l’Institut Mauritanien de Recherche Scientifique en charge des questions de patrimoine culturel. A ce titre il a supervisé la mise en œuvre de programmes relatifs au patrimoine culturel.Entre 2008 et 2011 il a participé à la mise en œuvre d’un programme MDGF, piloté par l’UNESCO en Mauritanie.